Sistem dalam penyelenggaraan pendidikan di lingkungan IAIN Jember merupakan satu kesatuan yang utuh dari komponen-komponen yang mempunyai keterkaitan antara satu dengan lainnya. Meliputi struktur organisasi yang didasarkan pada peraturan pemerintah nomor 60 tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi. Adapun penjabaran dari tugas dan fungsi masing-masing jabatan dalam struktur organisasi tersebut diatur dalam surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 51 tahun 2016 tentang STATUTA IAIN Jember.
Untuk mendukung tercapainya visi, misi, sasaran dan tujuan Fakultas dan Prodi sebagaimana yang dimaksudkan, maka dibuatlah struktur organisasi, mekanisme kerja dan pola kepemimpinan. Struktur kerja IAIN Jember, Fakultas dan Program Studi telah diatur sedemikian rupa, sehingga dapat mendorong sistem kerja yang mendukung pencapaian Visi, Misi dan Tujuan masing-masing. Selaras dengan struktur organisasi, mekanisme dan koordinasi kerja di lingkungan IAIN Jember diatur melalui kebijakan Rektor yang diteruskan kepada Dekan Fakultas Dakwah. Dekan selanjutnya melakukan koordinasi bersama-sama dengan wakil Dekan dan Koordinator Program Studi untuk melaksanakan kebijakan-kebijakan tersebut. Sebaliknya, gagasan atau usulan dari Program Studi dikomunikasikan dan dibahas di tingkat Fakultas Dakwah, kemudian diteruskan ke pimpinan dalam hal ini Rektor IAIN Jember untuk mendapatkan persetujuan dan pengesahan.
Mekanisme pengambilan keputusan pada tingkat Fakultas Dakwah tergantung pada bentuk masalah yang dihadapi. Beberapa hal yang berkaitan dengan sistem kerja dilakukan berdasarkan garis-garis yang bersifat instruktif dan bersifat koordinatif. Hal tersebut dikembangkan sebagai upaya untuk sinergi seluruh kebijakan-kebijakan lembaga dengan program kerja lembaga dengan tetap berdasarkan pada prinsip demokrasi dan peningkatan mutu sistem.
Hal-hal yang bersifat instruktif-sentralistik diputuskan oleh Rektor IAIN Jember dan wakil Rektor yang kemudian didelegasikan ke bawah, seperti pengambilan keputusan tentang pengawasan mutu. Keputusan bersifat koordinatif, diambil melalui rapat-rapat yang melibatkan unit kerja lain. Sistem yang ada dan dikembangkan tersebut sudah dipahami oleh seluruh staf baik pada level Universitas, Fakultas dan Program Studi. Hal ini ditandai dengan kesadaran akan tugas, wewenang dan tanggung jawab pada masing-masing personil sesuai dengan kedudukan dan posisinya dalam melaksanakan tugas.
Dengan peraturan secara normatif baik pada tingkatan Universitas, Fakultas dan Program Studi yang tertuang dalam STATUTA IAIN Jember yang semuanya penjabaran dari Visi, Misi dan Tujuan lembaga serta terciptanya suasana akademis yang kondusif tentu sistem yang ada dan dilaksanakan di lingkungan kampus IAIN Jember akan sangat mendukung pencapaian Visi, Misi dan Tujuan yang telah dirumuskan.
Pada prinsipnya sistem yang ada telah dijalankan secara transparan, termasuk hal-hal yang sangat sensitif, seperti mekanisme monitoring serta evaluasi seluruh kegiatan penyelenggaraan pendidikan tinggi, baik yang dilakukan melalui lembaga SENAT IAIN Jember, maupun audit oleh akuntan publik.
Seperti yang telah diuraikan sebelumnya, sebagian besar sistem yang ada dan dijalankan di lingkungan kampus IAIN Jember telah diatur/didukung dengan peraturan yang sangat jelas seperti pengembangan karir, studi lanjut (S2 dan S3) bagi dosen dan pelatihan-pelatihan bagi karyawan, peraturan disiplin karyawan dan lain-lain. Hal ini diatur dalam STATUTA IAIN Jember.
Secara garis besar, sistem yang ada dan berlaku di lingkungan kampus IAIN Jember mampu menciptakan suasana akademis yang kondusif, baik dalam ruang lingkup/kegiatan pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Hal ini nampak dari intensitas interaksi diantara para dosen dan forum ilmiah yang diadakan secara internal di lingkungan Prodi maupun Fakultas. Interaksi dosen dengan mahasiswa terutama pada kegiatan perkuliahan, serta pengabdian kepada masyarakat, maupun interaksi antara mahasiswa dengan mahasiswa terutama untuk kegiatan-kegiatan ekstrakurikuler. Selain itu juga interaksi antara pimpinan dengan struktur di bawahnya juga terbangun secara intensif.
Semua bagian (struktur organisasi) di IAIN Jember sudah diatur dalam ketentuan tugas pokok dan fungsi (Tupoksi). Adapun tugas pokok dan fungsi dari masing-masing struktur organisasi IAIN Jember sesuai dengan STATUTA IAIN Jember no 51 tahun 2016 dapat dilihat dalam tabel uraian TUPOKSI. Adapun tata pamong di prodi KPI IAIN Jember dapat dilihat dalam tabel Tata Pamong.
