Logo baru IAIN Jember mengandung 4 (empat) karakter utama, yaitu Ke-Islaman, Keilmuan, Ke-Indonesiaan dan Globalisasi. Ciri atau karakter tersebut tercermin dalam logo baru dengan penjelasan sebagai berikut:
Bentuk dasar logo adalah kubah masjid dengan dua pilar penyangga. Kubah diwujudkan dalam bentuk ornamen klasik bercorak Islam dengan latar belakang berbentuk lembaran buku kanan dan kiri. Bentuk bangunan masjid sebelah kiri visualisasi huruf ‘I’, tiangnya huruf ‘A’,’I’ dan sebelah kanan huruf ‘N’ sehingga dapat dibaca :I-A-I-N.
Logogram bercorak kubah dan lembar buku, keterkaitan dan hubungan antara sains dan agama yang terpatri dalam Logo IAIN Jember. Diambil dari ornamen pada dinding setiap masjid yang ada di tanah air (Nusantara). dapat dimaknai keilmuannya menuju integrasi dan interkoneksi bidang keilmuan menuju keunggulan peradaban.
Motif ornamen dipakai sebagai simbol integrasi-interkoneksi. Visual kubah dan buku dipilih sebagai bentuk dasar logo karena merupakan simbol keilmuan ketaqwaan, keindahan, keserasian, keseimbangan dan kebaikan. Hal ini menyiratkan IAIN selalu menanamkan ketaqwaan dan keilmuan bagi civitas akademika dalam memainkan seluruh kiprahnya. Hal ini juga dapat dimaknai bahwa IAIN Jember benar-benar bermaksud hendak menanamkan spirit dan karakter kemanusiaan yang bersifat rahmatan lil ‘alamin.
Lembaran buku berwarna kuning emas diambil dari jenis logam mulia, menunjukkan kemewahan, kehormatan, kemuliaan, kekekalan ilmu, keabadian, kesetiaan dan pengabdian. Menyiratkan ketajaman pikiran, keagungan cita, keluhuran budi, kecemerlangan pikiran dan muatan spiritualitas menuju IAIN Jember yang unggul dan terkemuka. Kemewahan dan kekayaan diwujudkan dalam bentuk kedalaman ilmu, kekayaan budi pekerti, kematangan diri dan kearifan budaya lokal. IAIN Jember hendak menjadi unggul dan terkemuka, namun tetap santun dan rendah hati. serta akan menuju ke tahun-tahun ke emasan dan gemilang menuju puncak prestasi.
Warna Hijau pada bentuk bangunan masjid melambangkan kontinuitas, kesegaran, kealamiahan dan pembaharuan. Hijau merupakan simbol harapan, pertumbuhan, kelahiran, kemakmuran, kesuburan dan regenerasi melalui berbagai inovasi tiada henti.
Warna Hijau Pada tulisan IAIN yang telah mengalami deformasi bentuk yang sesuai dengan kaidah estetika memiliki sejarah kontinuitas bagi transformasi tulisan IAIN Jember. Hijau juga memuat pesan religi dan agamis.
